Γεννήθηκε στις 26 Φεβρουαρίου του 1945. Ως αθλητής αγωνίστηκε για σχεδόν 20 χρόνια στην ομάδα του Άρη Θεσσαλονίκης (1959-78) ενώ παράλληλα ήταν και αθλητής της εθνική ομάδας (1965-1974).
Το 1978 θα αποσυρθεί ως παίκτης και θα αναλάβει αμέσως τον Άρη (1978-79) ως προπονητής. Στην ομάδα τότε υπήρχαν παίκτες όπως ο Βαγγέλης Αλεξανδρής και ο Χάρης Παπαγεωργίου και θα κατακτήσει το πρώτο πρωτάθλημα για τον Άρη μετά από 49 χρόνια(1979).
Αυτό θα είναι και η αρχή της αυτοκρατορίας της ομάδας, αφού ο τίτλος του πρωταθλητή ήταν αυτός που κέρδισε τον Νίκο Γκάλη για να έρθει στην ομάδα του Άρη. Παρόλο που θα κατακτήσει τον τίτλο δεν θα συνεχίζει ως προπονητής στην Θεσσαλονίκη και θα βρεθεί στην Λάρισα (1979-81). Παράλληλα σε αυτό το διάστημα είναι και προπονητής της εθνικής ομάδας ανδρών, εφαρμόζοντας το σύστημα με τα τρία γκάρντ στην ίδια πεντάδα, δηλαδή Γκάλη, Γιαννάκη, Κορωναίο. Το 1982 θα επιστρέψει στον Άρη (1982-1990)για να χτίσει μία από τις μεγαλύτερες αυτοκρατορίες του Ευρωπαικού μπάσκετ. Στην ομάδα της Θεσσαλονίκης θα μείνει για 8 χρόνια και θα κατακτήσει άλλα 7 πρωταθλήματα και 5 κύπελλα και θα έχει στην ομάδα του ιστορικούς παίκτες όπως ο Νίκος Γκάλης, ο Παναγιώτης Γιαννάκης, ο Λευτέρης Σούμποντιτς και πολλοί άλλοι.
Το 1990 ωστόσο θα φύγει από τον Άρη, ώστε την επόμενη σεζόν (1991-92) να πάει στην Αθήνα και τον Ολυμπιακό (1991-96). Εκεί θα καταφέρει να χτίσει ακόμη μία μικρή αυτοκρατορία με τον Ολυμπιακό να κατακτάει στα 5 χρόνια που είναι εκεί 4 πρωταθλήματα (1992-96) αλλά και 1 κύπελλο (1994) έχοντας βέβαια και πάλι μεγάλους παίκτες στην σύνθεσή του όπως ο Γιώργος Σιγάλας, ο Παναγιώτης Φασούλας αλλά και κάποιοι ξένοι όπως ο Ρόι Ταρπλει, ο Ζάρκο Πάσπαλι ή ο Έντι Τζόνσον. Από το 1996 έως το 1998 θα είναι στην ΑΕΚ (1996-98) με την οποία θα κατακτήσει αρκετές δεύτερες θέσεις αλλά όχι κάποιον τίτλο, ωστόσο είναι σίγουρα μεγάλο επίτευγμα το ότι έφτασε μέχρι τον τελικό του Πρωταθλητριών το 1998 μετά από 30 χρόνια. Το τελευταίο του πέρασμα από το πάγκο συλλόγου ήταν το 1999, όπου και κάθησε για μία σεζόν στον πάγκο του Ολυμπιακού (1999-2000).
Το 2002 έκανε μία απόπειρα να καθήσει στον πάγκο της εθνικής ομάδας και πάλι αλλά δεν στέφθηκε με επιτυχία και έληξε πρόωρα.
Ένα μεγάλο κεφάλαιο στην προπονητική καριέρα του Γιάννη Ιωαννίδη ήταν τα χαμένα Final Four στα Πρωταθλητριών. Κατάφερε στην μεγάλη του καριέρα να φτάσει 6 φορές στις τέσσερις καλύτερες ομάδες της Ευρώπης, τις 3 με τον Άρη , τις 2 με τον Ολυμπιακό και 1 με την ΑΕΚ. Ωστόσο δεν κατάφερε καμία από τις 6 φορές να πάρει τον τίτλο (τις τρεις φορές έχασε στον τελικό)
To προσωνύμιό του από την εποχή που έπαιζε ακόμη μέχρι και σήμερα είναι ο “ξανθός”.
Παρά τον περίεργο και ιδιόρρυθμο χαρακτήρα του, θεωρείται από τους κορυφαίους Έλληνες προπονητές όλων των εποχών.